2月2日，火神山医院正式交付军队支援湖北医疗队，2月4日开始收治确诊患者。一个多月来，火神山医院相继依托各大单位7名院士牵头组建医院新冠肺炎预防、诊治等重点研究课题支撑团队，成立了军队联合专家组、由多学科专业组成的医院专家组，解放军总医院成立了远程指导专家组。从收治的第一批患者起，科室主任首先组织医生对患者进行病情评估，对重症进行会诊，提出救治方案，对病情复杂的患者，邀请医院专家组会诊讨论，形成会诊意见、优化救治方案。会诊确定的危重症患者，第一时间转入重症医学科进行救治。
2月14日上午，军队前方指挥协调组组织解放军总医院专家赴火神山医院开展联合会诊，听取火神山医院重症、危重症病例的病情介绍，与医院医疗救治组开展多学科讨论，在认真分析、科学评估患者病情的基础上，优化完善治疗方案。远在北京的解放军总医院专家团队，通过5G远程会诊系统，可以实时为火神山医院重症患者提供远程会诊指导和技术帮助。
为贯彻中西医结合治疗要求，火神山医院及时成立了中医专家组，他们通过深入病房，采集中医症候量表，讨论并制定中医辨证分型及协定处方，制定了医院中医药治疗规范，建立健全中西医协同机制。中医专家组以会诊的形式深入全院各病区，采用轻症、普通型患者协定处方，重症、危重症患者“一人一方”的方式进行针对性治疗。治病更医心。不少患者在隔离和治疗的过程中产生了一些心理问题，此时及时有效的心理疏导和干预显得特别重要。为此，火神山医院专门成立精神心理学专家组。在心理卫生专家和医护人员带领下，火神山医院感染六科二病区的轻型、普通型新冠肺炎患者做起了手指操，病房里的氛围顿时轻松起来。连日来，他们多措并举完善诊疗方案，加强对患者的专业化心理疏导服务，增强了医生和患者战胜疫情的信心。
同时，火神山医院积极探索新的治疗手段，尽最大可能阻止轻症患者向重症转化。大力推行恢复期血浆治疗，依托信息化手段与出院患者建立随访机制，向出院患者发放捐献血浆倡议书，鼓励治愈康复者积极捐献血浆；组织专家组研究制定《火神山医院恢复期血浆治疗临床应用方案》，理顺流程机制，严密监测输注过程，确保全过程医疗质量安全。