食品的安全风险大致可以分为三类，即生物性风险、化学性风险和物理性风险。

生物性风险

食品生物性风险是指对食品原料、加工过程和食品造成风险的微生物及其代谢产物，包括致病性微生物（主要指有害细菌）、病毒、寄生虫等。食品生物性风险有可能来自原料，也有可能来自食品的加工过程。按生物的种类，食品生物性风险主要分为细菌性风险、病毒性风险、寄生虫风险和真菌性（霉菌、酵母）风险。

化学性风险

食品化学性风险主要是指食用后能引起急性中毒或慢性积累性伤害的化学物质。长期大量接触有害化学物质可能会产生急性中毒、慢性中毒、过敏、影响身体发育等风险。

根据食品中化学性风险的来源，可以将其分为天然存在的化学物质、有意添加的化学物质和外来污染带来的化学物质。

食品中天然存在的化学风险物质主要指食品中自然存在的毒素。根据其来源可将其分为5类：真菌毒素、细菌毒素、藻类毒素、植物毒素和动物毒素。前三类自然毒素属于生物毒素，是真菌、细菌或藻类在生长繁殖过程中产生的次生有毒代谢产物，它们在食品中可以直接形成，也可以通过食物链迁移富集。后两类是食品中固有的成分，对人类和动物均存在一定的风险。

有意添加的化学物质主要是指在食品生产、加工、运输、销售过程中人为加入的，主要包括防腐剂、抗氧化剂等各类食品添加剂，但同时也包括不法商家为达到某种目的而向食品中添加的非法添加物质。对于食品添加剂，严格按照国家相关法规和标准要求使用，是没有风险的。

食品中外来污染带来的化学物质属于非故意添加，它们是在食品生产包括饲料作物生产、畜牧养殖与兽药生产中，以及包装、运输中或环境污染造成的，包括农药残留、兽药残留、环境污染带来的化学物质等。

物理性风险

物理性风险是指食用后可能导致物理性伤害的异物，如玻璃、金属碎片、石块等。物理性风险的来源包括原料、水、粉碎设备、加工设备、建筑材料和雇员本身。

物理性风险可能是生产、运输和贮藏过程中不小心加入的，也有可能是故意加入的（人为破坏）。消费者误食了外来的异物，可能引起窒息、伤害或产生其他有害健康的问题。物理性风险问题在消费者投诉中最为常见，因为伤害立即发生或吃后不久发生，伤害的来源比较容易确认。